Попытка создания на Каспийском море флотилии военных кораблей была впервые предпринята в царствование Алексея Михайловича, это было вызвано расширением торговых отношений России с Персией и необходимостью обеспечения и защиты торговых путей по Волжскому пути. Царский указ от 19 июля 1667 г. предписывал «…для посылок из Астрахани в Хвалынское море делать корабли в Коломенском уезде в селе Дединово…». 14 ноября 1667 г. в селе Дединово на слиянии рек Ока и Москва был заложен для Каспия первый российский военный трехмачтовый корабль «Орел». Одновременно строилась яхта, бот и две шлюпки. Построенные суда были спущены на воду и в 1669 г. прибыли в Астрахань, но в следующем году во время восстания под предводительством Степана Разина эти корабли были захвачены и сожжены.

В 1704 г. по указу Петра I в Казани было основано адмиралтейство, и начато строительство судов для Каспия.

После окончания Северной войны Петр I проявляет интерес к Каспию, зная «…хорошего его значения для России, зная, что благосостояние России поднимется, и когда она станет посредницею в торговом отношении между Европой и Азией…». Желая установить непосредственные экономические связи со странами Средней Азии и Индией, Петр I ставит перед собой цель – завоевать побережье Каспийского моря. Но на пути стояла Персия, достаточно мощное в то время государство. Проведенная экспедиция под руководством А. Бековича-Черкассого, поручика А. Кожина, К. Вердена, Ф. Соймонова, стала прелюдией великого похода, подготовка к которому началась со строительства 200 речных лодок и 45 ластовых судов – небольших деревянных судов, предназначавшихся для обслуживания военных портов. Начиная с 1721 г., Петр I развернул подготовку Персидского похода. 18 июля 1722 г. десант в 22 тыс. человек под командованием генерал-адмирала Ф.М. Апраксина на 274 судах вышел из Астрахани в Каспийское море. Головным отрядом командовал адмирал Петр Михайлов, т.е. сам Петр I. Высадившись на берег в районе нынешнего северного Дагестана, с присоединившимися 9 тыс. кавалерии, армия двинулась берегом на Дербент. 23 августа сухопутные войска заняли город, а отряд судов доставил туда артиллерию и провиант.

Походом на Дербент война с Персией за обладание Каспийским морем не заканчивалась. Возникла необходимость постоянного наличия на Каспии флотилии и создания военного порта для базирования флотилии. Именно Персидский поход и пребывание Петра I в Астрахани изменили отношение к Каспийскому флоту, и 4 ноября 1722 г. указом государя был основан военный порт в Астрахани, и образована военная флотилия, принявшая боевое крещение у берегов Персии. Именно эта дата и является днем основания Каспийской флотилии.

Персидский поход был закончен подписанием трактата между Россией и Персией, по которому в вечное владение России отходили города Дербент и Баку со всеми прилегающими к ним землями, а также провинции Гилян, Мазандаран и Астрабад.

Однако после смерти Петра Великого завоевания русских на Каспии были утрачены. В царствование Анны Иоановны по договору 1735 г. большая их часть отошла к Персии. Тем не менее, интерес России к Каспию не ослабевал, и за возвращение утраченного взялся выдающийся деятель екатерининской эпохи Григорий Потемкин. В 1781 г. отряд кораблей в составе 3 фрегатов, бомбардирского корабля и 2 ботов, под командованием капитана 2 ранга Войновича, по предписанию Екатерины II прибыл в Астрахань. С этого момента на Каспийском море стал содержаться отряд военных кораблей «…для покровительства нашей коммерции», причем один фрегат и бот из его состава постоянно находился в Астрабадском заливе.

Завоевание Каспия Россией велось почти 100 лет. В 1813 г., с заключением Гюлистанского мирного договора, Россия приобрела монопольное право на содержание в Каспийском море военного флота. С 1867 г. главной базой Каспийской флотилии стал Баку – незамерзающий порт.

В результате похода русских войск в 1880-1881 гг. под командованием генерала Скобелева, в котором морские силы возглавлял капитан 2 ранга С.О. Макаров, к России была присоединена Туркмения. Вхождение западного и восточного Прикаспия в состав России не только обеспечило безопасность ее южных границ, но и сыграло прогрессивную роль в развитии как экономической, так и духовной жизни народов, населяющих этот край. Ведь Россия, в отличие от Турции и Персии, представляла собой в то время бурно развивающуюся державу, отменившую у себя крепостную зависимость и отличавшуюся большой веротерпимостью.

В последующее время, до 1918 г., Каспийская флотилия охраняла торговые и рыбные промыслы на Каспии, а также русские торгово-промышленные интересы в Иране, наблюдала за выполнением Ираном условий Туркманчайского договора. За боевые заслуги флотилия была награждена георгиевской лентой, которую личный состав носил на бескозырках.

В очередной раз боевые действия флотилии на Каспии начались в 1918 г. Однако с приходом в Баку англичан, часть кораблей флотилии была разоружена, а остальные ушли в порт Петровск (Махачкалу). В годы гражданской войны Каспийская флотилия вела боевые действия на Волге и Каме, совместно с Красной Армией участвовала в боях за Казань, Симбирск, Сызрань, Самару, Чистополь, Елабугу, Царицын. А на Каспийском море – за Астрахань и Баку. Вторичное завоевание Каспийского моря завершилось Энзелийской операцией в мае 1920 г., в результате которой белый флот был захвачен, а английские интервенты и белогвардейские части отступили в глубь Ирана. Флотилия была награждена Почетным Красным Знаменем ВЦИКа, которое хранится и по настоящее время.

На первом этапе Великой Отечественной войны непосредственной угрозы для Каспийского морского бассейна не существовало, и деятельность Каспийской флотилии в основном сводилась к несению в морском секторе дозорной службы. С 24 по 26 августа 1941 г. флотилия по приказу Советского правительства, совместно с частями Закавказского военного округа, провела десантную операцию на иранское побережье южнее иранской Астары, высадив тактический десант в составе горно-стрелкового полка, усиленного артиллерийским дивизионом, и поддержала артиллерийским огнем наступающие по побережью со стороны Ленкорани части горно-стрелковой дивизии. Ввод советских войск на территорию Ирана был вызван усилением здесь немецкого влияния и симпатиями к фашистам ряда лиц, стоящих во главе Ирана, что создавало угрозу вовлечения Ирана в войну против Советского Союза. После ввода советских войск в Иран они занимали северную часть Ирана в течение всей войны, а корабли Каспийской флотилии несли стационарную службу в иранских портах Пехлеви, Ноушехр, Бендер-Шах. Начиная с 1942 г., Каспийская флотилия была объявлена действующей и выполняла задачи по обеспечению коммуникаций, непосредственно прикрывая на переходах от воздействия авиации противника своими кораблями транспорты, и организовывала противоминную оборону. 27 августа 1945 г. за боевые заслуги перед Родиной в годы Гражданской Великой Отечественной войн указом Президиума Верховного Совета СССР Каспийская флотилия была награждена орденом Красного Знамени.

В послевоенные годы флотилия продолжала играть роль стабилизирующего фактора в регионе. Однако после распада СССР и преобразования бывших республик в суверенные государства силы флотилии пришлось перебазировать из Баку в Махачкалу и Астрахань, ставшую ее главной базой.

В новых геополитических условиях роль и значение Каспийской флотилии возрастает. Главными задачами являются обеспечение национально-государственных интересов России в регионе, противодействие терроризму. Современные реалии жизни поставили корабли и части Каспийской флотилии на страже южных рубежей России. Примером дальнейшего развития и наращивания военной мощи Каспийской флотилии является передача нового современного сторожевого корабля «Татарстан» в состав флотилии, шефство над которым взяла администрация федерального государственного унитарного предприятия «ПО завод имени Серго» Зеленодольска Республики Татарстан. В настоящее время Правительством Российской Федерации утверждена государственная кораблестроительная программа строительства кораблей для Каспийской флотилии, в рамках которой уже в настоящий момент разработан проект боевых кораблей с учетом специфики Каспия.

Несколько лет назад в составе флотилии была создана гвардейская Московско-Черниговская бригада морской пехоты, которая принимала участие в проведении контртеррористической операции на Северном Кавказе. Более 900 офицеров, мичманов и прапорщиков флотилии были удостоены правительственных наград. Примером в выполнении воинского долга и служения Родине для всего личного состава флотилии является Герой Российской Федерации старший прапорщик Григорий Замышляк.

В августе 2002 г. в Каспийском море было проведено крупномасштабное учение Каспийской флотилии с привлечением частей и подразделений Военно-воздушных сил, Министерства внутренних дел, Министерства Российской Федерации по делам гражданской обороны, чрезвычайным ситуациям и ликвидации последствий стихийных бедствий и Министерства транспорта России.

В сентябре 2002 г. корабли флотилии посетили с дружественным визитом столицу Республики Азербайджан – Баку.

В мае 2003 г. отряд кораблей Каспийской флотилии в составе ракетного катера «Ступинец», базового тральщика «Магомед Гаджиев» и малого гидрографического судна «ГС-301» под флагом командующего флотилией совершил визит в порт Актау Республики Казахстан.

В июле 2005 г. на базе Каспийской флотилии прошла международная конференция представителей военно-морских сил каспийских государств по созданию Каспийской военно-морской группы оперативного взаимодействия «КАSFОR».

В 2010 г. Каспийская флотилия вошла в состав Южного военного округа.

В настоящее время Каспийская флотилия - по-прежнему мощное, боеспособное объединение, являющееся не только южным форпостом России, но и гарантией неприкосновенности морских рубежей, важнейшим инструментом внешней политики государства на Каспии. В ее состав входят ракетные, торпедные и артиллерийские катера, десантные корабли на воздушной подушке, базовые и рейдовые тральщики, части морской пехоты, береговых ракетно-артиллерийских войск и другие.